با هدف انجام تحقیقات گسترده در زمینه عوامل آلاینده‌های محیطی و بررسی منابع آلاینده زیست‌محیطی در سطح استان قم و هم‌چنین به‌منظور فراهم آوردن زمینه رشد پژوهشهای کاربردی در سطح استان و به فعالیت رساندن توان پژوهشی اعضای هیات علمی دانشگاه قم، پیشنهاد راه‌اندازی پژوهشکده سبز تحقیقات زیست‌محیطی (پژوهشکده محیط زیست) به شورای گسترش آموزش عالی کشور ارائه گردید که در اواخر سال ۱۳۸۲، این درخواست مورد تایید قرار گرفت.
پژوهشکده محیط زیست اکنون با سه گروه پژوهشی آلاینده‌های زیست‌محیطی، گروه پژوهشی فرهنگ و محیط زیست و گروه پژوهشی بیوانفورماتیک و محیط زیست در حال فعالیت است و با دارا بودن بیش از 40 همکار پژوهشگر تمام وقت، نیمه‌وقت و یا پاره‌وقت در کلیه زمینه‌های مرتبط با بحث‌های زیست‌محیطی، در زمینه‌های کاربردی و بنیادین و فرهنگ‌سازی، فعالیت می‌نماید. پژوهشکده محیط زیست مکان اصلی انجام تحقیقات زیست‌محیطی در سطح استان قم، استان‌های مرکزی کشور و حتی به‌عنوان عضوی موثر در شبکه تحقیقات زیست‌محیطی کشور در سطح ملی می‌باشد. فراهم نمودن زمینه بسیار مناسب برای جذب پژوهشگران در سطوح استانی و ملی و هم‌چنین فراهم آوردن زمینه‌های تعامل و هم‌فکری هرچه بیشتر با دستگاه‌های اجرایی، نوید‌‌بخش گسترش روزافزون پژوهشهای کاربردی، بنیادی و توسعه‌ای در این پژوهشکده است. گسترش گروه‌های پژوهشی مورد نیاز به‌منظور پرداختن به ابعاد بیش‌تری از موضوعات زیست‌محیطی در سطوح استان و ملی در دستور کار بوده و به تدریج سایر گروه‌های پژوهشی با اخذ مجوز مربوطه راه‌اندازی خواهند شد. گسترش حوزه‌های فعالیت در سطح ملی از طریق همکاری در ایجاد و توسعه شبکه تحقیقات زیست‌محیطی و در سطح بین‌المللی از طریق گسترش همکاری‌های فعلی با مراکز تحقیقاتی و دانشگاهی کشورهای دیگردر حال انجام بوده و به مرور گسترده‌تر نیز خواهد گردید.
