صنعتی شدن کشور در چند دهه گذشته همراه با افزایش نرخ سریع جمعیت و نیاز به تامین امکانات مورد نیاز آنها باعث شده است تا منابع محیط زیستی کشور شدیداً مورد تهدید قرار گیرند. در همین راستا، فشار مضاعفی به اکوسیستم‌های شکننده زیست محیطی همچون جنگل‌ها، رودخانه‌ها، دریاها، منابع‌ آب زیرزمینی و ... وارد شده است. از آنجا که در گسترش فعالیت‌های صنعتی، کشاورزی و محدوده‌های شهری و روستایی بحث توسعه پایدار مد نظر قرار نگرفته است، امروزه مشاهده می‌شود که بسیاری از منابع تجدیدناپذیر ملی کشور به دلیل افزایش بار آلودگی از حیز انتفاع ساقط شده‌اند. از این جهت در راستای شناسایی منابع آلاینده و ارائه راهکارهای مناسب جهت رسیدن به توسعه پایدار، نیاز به تحقیقات کاربردی و بنیادی زیست‌محیطی در کشور شدیدا مدنظر قرار گرفته است.

استان قم به دلیل قرار گرفتن در حاشیه کویر و برخورداری از اکوسیستم شکننده، ظرفیت بسیار محدودی در توسعه بخش کشاورزی داشته است. اما در چند دهه اخیر توسعه نابسامان شهری همراه با افزایش سرمایه‌گذاری صنعتی در این استان (به دلیل محدودیت در سرمایه‌گذاری‌های آلاینده در شعاع 120 کیلومتری پایتخت) باعث شده است که محیط زیست آن در معرض خطرات روزافزون قرار گیرد. عدم توجه کافی به بحث توسعه پایدار استان باعث نابودی برخی از منابع ملی و زیست محیطی شده و در صورت عدم توجه کافی و انجام تحقیقات میدانی و توسعه‌آی در سطح استان جهت حل این معضلات در آینده‌ای نه چندان دور محیط زیست این استان به طور کامل نابود خواهد شد.

جهت انجام تحقیقات گسترده در زمینه عوامل آلاینده های محیطی و یافتن منابع آلاینده زیست‌محیطی در سطح استان قم که نهایتاً منجر به بروز خطرات گسترده در سطح جامعه می‌شوند و همچنین به منظور فراهم آوردن زمینه رشد پژوهش‌‌های کاربردی در سطح استان و به فعلیت رساندن توان پژوهشی اعضای هیات علمی دانشگاه قم، پیشنهاد راه اندازی پژوهشکده سبز تحقیقات زیست‌محیطی به شورای محترم گسترش آموزش عالی کشور ارائه گردید که در اواخر سال 1382، این درخواست مورد تایید قرار گرفت.

این پژوهشکده اکنون با سه گروه پژوهشی آلاینده‌های زیست‌محیطی،‌ گروه پژوهشی فرهنگ و محیط زیست و گروه پژوهشی بیوانفورماتیک و محیط زیست فعالیت می نماید و با دارا بودن بیش از چهل همکار پژوهشگر تمام وقت، نیمه وقت و یا پاره‌وقت در کلیه زمینه‌های مرتبط با بحث‌های زیست‌محیطی، در زمینه‌های کاربردی و بنیادین و فرهنگ‌سازی، فعالیت می‌نماید. پژوهشکده سبز مکان اصلی انجام تحقیقات زیست‌محیطی در سطح استان، استان‌های مرکزی کشور و حتی به عنوان عضوی موثر در شبکه تحقیقات زیست‌محیطی کشور در سطح ملی می‌باشد. فراهم‌ نمودن زمینه بسیار مناسب جهت جذب پژوهشگران در سطح استانی و ملی و همچنین فراهم آوردن زمینه‌های تعامل و همفکری هر چه بیشتر با دستگاه‌های اجرایی، نوید‌ بخش گسترش روزافزون پژوهش‌های کاربردی،‌ بنیادی و توسعه‌ای در این پژوهشکده بوده است. گسترش گروه‌های پژوهشی مورد نیاز جهت رسیدن به چشم‌انداز محیط زیست سالم در سطح استان و ملی ضروری بوده و به تدریج سایر گروه‌های پژوهشی با کسب اجازه از معاونت محترم پژوهشی وزارت متبوع و شورای محترم گسترش آموزش عالی راه‌اندازی خواهند شد. هم اکنون درخواست راه‌اندازی دو گروه دیگر نیز ارائه گردیده است.         

گسترش حوزه‌های فعالیت در سطح ملی (از طریق همکاری در ایجاد و توسعه شبکه تحقیقات زیست‌محیطی) و بین‌المللی (از طریق گسترش همکاری‌های فعلی با مراکز تحقیقاتی و دانشگاهی کشورهای دیگر) در دو سطح منطقه‌ای (با کشورهای حاشیه دریای خزر و کشورهای حاشیه خلیج فارس) و فرامنطقه‌ای (با کشورهای توسعه یافته همچون انگلیس، استرالیا، آمریکا، کانادا‌، ژاپن و ...)، در حال انجام بوده و به مرور گسترده‌تر نیز خواهد گردید.